« Nous cherchons à combler un angle mort dans la connaissance du microbiote »
Sciences et Avenir : Après avoir collecté plus de 40.000 échantillons de selles chez des adultes, vous vous intéressez désormais à celles des plus jeunes. Pourquoi ?
Hervé Blottière : Nous cherchons à combler un angle mort dans la connaissance du microbiote. Pendant longtemps, on considérait que tout était stabilisé vers l’âge de trois ans. Mais les connaissances évoluent et plusieurs travaux montrent aujourd’hui que, même à cinq ans, le microbiote de l’enfant n’a pas encore atteint la complexité de celui de l’adulte. On sait également qu’au moment de l’adolescence, certains profils microbiotiques existent encore alors qu’on ne les retrouve plus chez l’adulte. C’est notamment le cas des microbiotes dominés par les bifidobactéries.
Lire aussi 100.000 microbiotes intestinaux vont être récoltés pour le projet French Gut : pourquoi pas le vôtre ?
Qu’est-ce qui fait déjà l’objet d’un consensus scientifique chez l’enfant ?
Pour la période allant jusqu’à 3 ans, nous disposons de nombreuses données. Nous savons que le fœtus in utero est stérile et que la colonisation commence à la naissance, au moment de la rupture de la poche des eaux.
Parmi les premières bactéries à coloniser l’intestin du nouveau-né figurent des micro-organismes dites aérotolérantes, capables de survivre en présence d’oxygène. C’est le cas notamment des entérobactéries comme Escherichia coli. Leur rôle est essentiel : elles consomment l’oxygène présent dans l’intestin du nourrisson et créent progressivement un environnement favorable à l’installation de bactéries strictement anaérobies (qui ne supportent pas l’oxygène) et qui seront essentielles à la maturité du microbiote.
Viennent ensuite des bactéries anaérobies comme celles des genres Bifidobacterium (Actinobacteria), transmises à la naissance et fortement stimulées par le lait maternel. Puis, avec la diversification alimentaire, les chercheurs et chercheuses détectent dans les selles l’ADN d’autres groupes bactériens, comme les Firmicutes et les Bacteroidetes.
Lire aussi Faut-il donner aux bébés une alimentation spécifique pour les préserver des maladies inflammatoires de l’intestin ?
Cependant, tous les enfants ne développent pas le même microbiote. De nombreux facteurs influencent cette évolution dès les premières années de la vie : le mode d’accouchement, l’alimentation, ainsi que l’environnement dans lequel grandit l’enfant. Les enfants élevés en milieu rural présentent généralement un microbiote plus riche et plus diversifié que ceux vivant en zone urbaine. La présence d’animaux domestiques ou encore le niveau d’hygiène semblent également jouer un rôle déterminant.
Au cours des trois premières années de vie, chaque enfant suit ainsi une trajectoire propre de développement de son microbiote ; ces trajectoires tendent ensuite à converger progressivement vers un microbiote de type adulte. En vieillissant, on observe de nouveau une divergence des microbiotes.
« Un ordre de grandeur comparable au nombre total de cellules du corps humain »
Qu’a permis de comprendre la métagénomique, cette technique développée pour analyser directement l’ADN des bactéries présentes dans les selles ?
Nous avons d’abord une meilleure vision qualitative et quantitative : le consortium européen MetaHIT ( Metagenomics of the Human Intestinal Tract) a montré qu’au sein d’une population donnée, environ 1000 espèces bactériennes peuvent coexister, chaque individu en abritant en moyenne plusieurs centaines. Cet univers microscopique se distingue également par sa densité remarquable : on compte près de 50.000 milliards de bactéries par personne, principalement dans nos intestins, soit un ordre de grandeur comparable au nombre total de cellules du corps humain.
De même, les scientifiques comprennent désormais qu’il n’existe probablement pas un microbiote idéal unique, composé de « bonnes » bactéries universelles. À l’image d’un orchestre philharmonique, ce qui compte n’est pas tant la présence de tel ou tel musicien que l’ensemble des instruments nécessaires pour jouer la partition.
Il en va de même pour la symbiose que nous entretenons avec l’ensemble de ces micro-organismes. Ce n’est pas tant la présence de telle ou telle espèce bactérienne qui importe, mais le fait que les fonctions que nous leur avons déléguées au cours de l’évolution soient assurées : comme la digestion des fibres fermentescibles, la synthèse de vitamines (K et B), la protection de la barrière intestinale, ou encore l’éducation et la maturation du système immunitaire.
Lire aussi Nous ne sommes pas tous égaux face à l’alimentation transformée, voici pourquoi
Cependant, la métagénomique a surtout mis en lumière les bactéries, car c’est leur ADN qui est détecté et analysé dans les selles. Pourtant, le microbiote ne se résume pas qu’à elles. Il est aussi composé de virus, notamment des bactériophages, qui infectent les bactéries et régulent leurs populations, ainsi que d’archées, des micro-organismes encore mal connus et présents en quantités très variables selon les individus. On y trouve également des champignons et des levures, longtemps peu étudiés, mais aujourd’hui reconnus pour leur rôle possible dans l’équilibre intestinal et dans certaines maladies.
Il y a eu un fort engouement pour les possibilités thérapeutiques offertes par le microbiote. Mais quelles sont, concrètement, les approches qui fonctionnent ?
La transplantation fécale constitue aujourd’hui la seule approche thérapeutique validée ciblant directement le microbiote. Elle s’est révélée particulièrement efficace contre les infections récidivantes à Clostridioides difficile, avec un taux de guérison d’environ 90 % chez les patients souffrant de formes récurrentes. Cette technique, désormais pratiquée dans de nombreux hôpitaux, a marqué une véritable avancée médicale. À ce jour, elle reste la seule indication clinique solidement étayée.
Pourtant, de nombreuses recherches s’intéressent aux possibilités offertes par la transplantation fécale.
Oui, car plusieurs travaux ont étayé cette approche médicale. Les premiers indices sont venus d’études comparant des personnes malades à des individus en bonne santé. Des « signatures microbiotiques » ont ainsi été identifiées entre ces deux groupes.
Les expériences menées chez l’animal ont ensuite montré que le microbiote pouvait jouer un rôle actif dans certaines pathologies. Par exemple, le transfert du microbiote d’une personne obèse à une souris favorise chez celle-ci une prise de poids plus importante. Des résultats similaires ont ensuite été observés dans d’autres pathologies, y compris certaines maladies neuropsychiatriques comme l’autisme ou la dépression.
Si ces travaux ont montré que le transfert du microbiote pouvait influencer certains symptômes ou favoriser l’apparition de mécanismes associés à la maladie, il est important de préciser que le microbiote n’est généralement pas considéré comme la cause unique de ces pathologies. Il s’agit plutôt d’un facteur contributif.
Que sait-on aujourd’hui des effets positifs des probiotiques (bactéries ou levures) sur le microbiote intestinal ?
Les probiotiques ont suscité beaucoup d’espoirs, mais leurs effets ne sont pas toujours à la hauteur des attentes initiales. Là aussi, de nombreux essais cliniques sont encore en cours, mais les résultats préliminaires restent très variables d’une étude à l’autre, et donc encore incertains.
Les probiotiques dits « classiques », comme les bifidobactéries ou les lactobacilles, commercialisés en pharmacie sous forme de compléments alimentaires — notamment en accompagnement d’un traitement antibiotique ou pour réduire certaines diarrhées — sont souvent mis sur le marché sans validation clinique solide. Leurs effets demeurent modestes : certaines personnes observent une amélioration, d’autres non. Il ne s’agit en aucun cas d’un traitement miracle.
Autre complément alimentaire très à la mode : les compléments en fibres ou en prébiotiques ?
Certaines fibres comme les inulines ou les fructo-oligosaccharides montrent des effets bénéfiques sur la composition du microbiote et sur certaines pathologies, notamment l’obésité. Chez des patients opérés pour un cancer du côlon, une consommation plus élevée et plus variée de fibres était associée à une meilleure survie sans récidive. Mais ces résultats ne peuvent pas être généralisés.
Il n’existe pas de fibre « miracle ». En revanche, les recherches confirment qu’une alimentation riche et variée en fibres (fruits, légumes, légumineuses, céréales complètes, graines, fruits secs à coque, etc.) est associée à un microbiote plus diversifié, fréquemment observé chez les personnes en bonne santé. Et pour cela, pas besoin de prendre de compléments alimentaires ni d’aliments enrichis en fibres…
Finalement, il existe encore de nombreuses zones d’ombre sur le microbiote intestinal…
Oui. C’est tout l’enjeu de notre appel à dons de selles : disposer d’un volume suffisamment large et diversifié d’échantillons permettant de gagner en puissance statistique et de confirmer ou infirmer les résultats des études fondées sur de plus petits effectifs.
Comment protège-t-on les données des volontaires qui participent au projet French Gut ?
Le projet a reçu l’autorisation d’un Comité de protection des personnes (CPP) et de la CNIL (Commission nationale de l’informatique et des libertés), indispensables pour toute recherche impliquant des données de santé.L’accès à certaines données médicales des volontaires via le Système national des données de santé (SNDS) est limité à des informations telles que les traitements ou les antécédents médicaux.Toute évolution du protocole (questionnaires, nouveaux thèmes) doit être à nouveau validée par le CPP.Les échantillons biologiques sont pseudonymisés à l’hôpital Avicenne (Bobigny) : les scientifiques n’ont jamais accès à l’identité des participants, seulement à des codes anonymes. Seul le médecin responsable peut, dans des cas très encadrés et avec l’accord explicite du volontaire, rétablir le lien pour un éventuel contact.Enfin, bien que certains acteurs privés participent au financement du projet, leur accès aux données est limité et strictement encadré par des contrats juridiques précis.
Source:
www.sciencesetavenir.fr
