La peste provoquait déjà des épidémies mortelles il y a 5500 ans

Depuis que l’on a découvert le bacille de la peste (Yersinia pestis) sur des humains du Néolithique, deux théories s’opposent. La bactérie ayant durablement marqué les esprits pour sa létalité lors des grands épisodes de peste bubonique, certains chercheurs considèrent qu’elle était particulièrement dévastatrice dès la préhistoire et qu’elle pourrait même être responsable du déclin démographique caractéristique de la fin du Néolithique en Europe. D’autres pensent au contraire que la bactérie, alors au début de son évolution, n’était pas capable de déclencher de grandes épidémies et que les phénomènes d’infection se limitaient à des individus isolés.

Chaque découverte d’ADN ancien de Yersinia pestis ajoute une pièce au dossier et la dernière en date, publiée par l’équipe du paléogénéticien danois Eske Willerslev dans la prestigieuse revue Nature, pourrait bien tout remettre en question, car elle met non seulement en évidence les plus anciennes souches de la peste, mais démontre qu’elles ont été responsables de deux vagues épidémiques chez des chasseurs-cueilleurs ayant vécu il y a environ 5500 ans dans l’actuelle Sibérie. Cette découverte majeure et complètement inattendue relance le débat sans le clore pour autant.

La peste provoquait déjà des épidémies mortelles il y a 5500 ans

Sur quatre sites de chasseurs-cueilleurs localisés dans la région du lac Baïkal, en Sibérie (Russie), les archéologues du Baikal Archaeology Project ont mis au jour des inhumations dont certaines datent du Néolithique tardif – pour cette région. « Le Néolithique est défini sur la base de critères technologiques tels que l’introduction de l’arc et des flèches, des récipients en argile et des techniques de broyage de la pierre, bien que ces communautés soient restées des chasseurs-cueilleurs jusqu’à l’irruption du pastoralisme à la fin de l’âge du bronze », précise l’étude. Intrigués par une anomalie décelée au cours des observations anthropologiques, ils ont fait appel à des paléogénéticiens : « sur un site en particulier, le profil de mortalité était très inhabituel, explique le premier auteur, Ruairidh Macleod, de l’université d’Oxford. Il y avait un nombre considérable d’enfants et d’adolescents parmi les défunts sans que l’on trouve preuve de violence ni de traumatismes sur les squelettes. Les dates radiocarbone indiquaient en outre que cette mortalité de masse s’était produite en un très court laps de temps. »

Des prélèvements réalisés sur des dents issues de ces sites funéraires ont ensuite révélé la présence d’ADN ancien de Yersinia pestis. Une surprise à tous points de vue, car les communautés de chasseurs-cueilleurs n’étaient pas dans le viseur des chercheurs investiguant sur la peste préhistorique.

Deux vagues épidémiques à plusieurs siècles d’intervalle

Deuxième surprise lorsque les paléogénéticiens ont séquencé les génomes des bacilles identifiés sur ces dents : ils indiquent deux phases épidémiques (l’une vers 5500, l’autre vers 5000 avant le présent) et se situent au niveau le plus basal de l’évolution de Yersinia pestis. Ils correspondent à des souches que l’on ne connaissait pas jusqu’à présent, qui sont désormais les plus anciennes connues. Dans la mesure où Yersinia pestis a divergé de Yersinia pseudotuberculosis, on peut désormais affiner la date de cette séparation aux alentours de 5709 avant le présent.

Classement phylogénétique des souches de Yersinia pestis. Crédits : Macleod et al., 2026, Nature

Le contact direct avec les marmottes est le déclencheur

Une fois découverte la cause de ces vagues de mortalité, il reste à en expliquer les mécanismes. Comment se produisait l’infection, quel était l’animal réservoir et surtout pourquoi les enfants étaient-ils les plus touchés ? Pour les chercheurs, il n’y a pas d’hésitation, l’animal réservoir, ce sont les marmottes (Marmota sibirica). Chassée pour sa viande et sa fourrure, elle peut entraîner différentes sortes d’infection : « La consommation d’organes de marmottes crus ou insuffisamment cuits entraîne une forme septique de l’infection par voie fécale-orale, tandis que le contact étroit avec des marmottes infectées par des souches actuelles de Yersinia pestis provoque la peste bubonique ou pulmonaire (ou souvent les deux), cette dernière survenant souvent à la suite d’une infection septique ou de l’inhalation de gouttelettes de sang infectieuses lors, par exemple, du dépouillement », écrivent-ils.Or les archéologues ont trouvé de nombreuses dents percées de marmottes parmi les offrandes funéraires, signe que leurs dépouilles étaient largement manipulées. Ils peuvent donc reconstituer une première infection par l’une ou l’autre de ces voies, puis une transmission interhumaine, par voie pneumonique, pour expliquer l’épidémie.

Le système immunitaire est attaqué

Si les recherches portant sur les premières occurrences de la peste hésitaient à concevoir sa forte létalité, c’est non seulement parce qu’elle n’a été découverte que sur un nombre restreint d’individus, mais surtout car les premières souches étaient dépourvues de deux gènes codant la virulence : le gène ymt et le prophage YpfΦ. Dans la mesure où l’équipe d’Eske Willerslev constate qu’ils sont également absents des souches sibériennes, comment expliquer les deux vagues épidémiques ?Un autre gène en est responsable, ypm, codant pour le superantigène YPM, qui a déjà été identifié dans les souches modernes de Yersinia pseudotuberculosis, et récemment observé dans des souches de Yersinia pestis datant du néolithique tardif. Cet antigène « provoque des symptômes extrêmement forts de réaction du système immunitaire, explique Astrid Iversen, co-auteure de l’étude. De nos jours, il est à l’origine de réponses du type de l’encéphalopathie et du syndrome de Kawasaki, les deux affectant surtout des enfants. Donc nous pensons que ce sont d’abord les enfants qui ont été touchés et que la maladie s’est exacerbée en déclenchant ces complications immunologiques ».

Un nouvel élément de poids dans l’histoire de la peste

Voilà donc qui change complètement la donne sur ce que l’on pensait savoir de la peste préhistorique. Car sur ces sites sibériens il ne s’agit plus d’un événement isolé, mais d’une transmission zoonotique au sein d’un vaste groupe et qui s’est répétée à plusieurs siècles d’intervalle. Alors que l’on a longtemps associé la peste à la sédentarité néolithique et à la domestication des animaux, elle émane (comme dans le premier cas recensé en Lettonie) du contact direct avec les animaux sauvages. « Cela remet davantage en question les interprétations de la peste comme facteur unique contribuant au déclin démographique au cours du Néolithique tardif en Europe », conclut l’étude – même si l’équipe est divisée à ce sujet !En effet, pour Eske Willerslev, il manque encore beaucoup de données pour répondre définitivement à cette question, car il est en l’état impossible de déterminer si l’épidémie identifiée dans la région du lac Baïkal s’est répandue par la suite en Europe et, si tel était le cas, si les humains ou bien les animaux en ont été les vecteurs.