Le Médiateur fédéral traite également les signalements d’atteinte à l’intégrité (abus, fraude, irrégularités) dans les organismes publics fédéraux. Il mène des enquêtes, rédige des rapports avec des recommandations éventuelles.
En outre, il protège les lanceurs d’alerte contre les représailles.
L’Institut fédéral des droits humains fournit des informations et un soutien aux lanceurs d’alerte et ce, en toute confidentialité. Ce soutien peut revêtir plusieurs formes : une aide juridique, un soutien psychologique, un accompagnement de carrière, un soutien technique, un coaching ou une formation aux médias.